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美格导读|三代扩增子的前沿应用

来源：幼儿乐育儿资讯网时间：2022年03月07日 14:30

原标题：美格导读|三代扩增子的前沿应用

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mBio

标题：High-Level Acquisition of Maternal Oral Bacteria in Formula-Fed Infant Oral Microbiota.

译名：配方奶喂养婴儿口腔微生物群中母体口腔细菌的高水平采集

作者：ShinyaKageyama等

时间：2022-01-18

期刊：mBio

影响因子：7.867

摘要：婴儿期获得口腔细菌会影响后续形成稳定的口腔微生物群，母体口腔微生物的流入被认为在婴儿口腔微生物群的获得和发展中起重要作用。在这项研究中，研究者检查了448对4个月大的母婴舌拭子样本，使用PacBio全长16SrRNA的单分子长读长测序和扩增子序列变异(ASV)方法确定每个样品的细菌组成。尽管婴儿口腔微生物群与母亲口腔微生物群存在明显差异，但与其亲生母亲共享的ASVs的中位相对丰度为9.7%（范围为0.0%至99.3%），显着高于与非亲缘母亲共享的ASVs。这种共享丰度与婴儿的喂养方式密切相关，与他们的分娩方式或抗生素暴露无关，并且配方奶喂养的婴儿比纯母乳喂养的婴儿具有更高的共享丰度。该研究提供了母婴口腔细菌传播的菌株水平证据，并表明母体口腔细菌的定植在配方奶喂养的婴儿中更高。

推荐语：本研究重点关注口腔细菌的母婴传播，这是婴儿口腔微生物群的主要获取途径。通过全长16SrRNA测序结果证明：即使在单核苷酸水平，大多数婴儿仍是从其生母获得口腔细菌。另外研究也显示，母体口腔细菌在婴儿口腔微生物群中的占有率与婴儿的喂养方式有关。上述数据可以阐明人们对婴儿口腔微生物群的早期发育，及其与口腔微生物群相关疾病的潜在关联。

Microbiol Spectr

标题：Positive Effect of Lactobacillus acidophilus EG004 on Cognitive Ability of Healthy Mice by Fecal Microbiome Analysis Using Full-Length 16S-23S rRNA Metagenome Sequencing.

译名：通过使用全长16S-23SrRNA宏基因组测序分析粪便微生物组，了解嗜酸乳杆菌EG004对健康小鼠认知能力的积极影响

作者：SoominJeon等

时间：2022-02-23

期刊：Microbiol Spectr

影响因子：7.171

摘要：近期“肠脑轴”的概念兴起，表明胃肠道中的微生物可通过调节信号分子来影响大脑。尽管在短时间内报道了许多研究，但特定细菌菌株的信号机制和作用仍不清楚。本研究设计了一个实验以发现一种对大脑功能有积极影响的菌株，这种菌株可以通过健康小鼠的认知过程变化来识别。实验组由对照组和嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌和鼠李糖乳杆菌3个益生菌消费组组成。通过认知行为试验，3个试验组的认知能力均有改善，以嗜酸乳杆菌组得分最高。为了进一步了解微生物组成对大脑的影响，研究者使用纳米孔进行16S-23SrRNA全序列测序，并在物种水平上确定了操作分类单位(OTUs)。嗜酸乳杆菌饲喂组，其肠道厚壁菌门和变形菌门细菌比例增加，其中16种细菌比例与对照组差异显著。研究人员估计认知行为测试的阳性结果是由于受试者肠道中嗜酸乳杆菌EG004菌株的比例增加，因为该菌株可以产生丁酸盐，从而调节神经递质和神经营养因子。

推荐语：该项研究通过进行16S-23SrRNA全序列测序，提供了物种水平的肠道微生物组组成。研究者预计，该菌株对认知能力的积极影响，将扩大嗜酸乳杆菌的工业领域，并有助于了解肠脑轴的机制。

Chemosphere

标题：Effect of the coexistence of endosulfan on the lindane biodegradation by Novosphingobium barchaimii and microbial enrichment cultures.

译名：硫丹共存对barchaimii和微生物富集菌对林丹生物降解的影响

作者：SiangChenWu等

时间：2022-02-19

期刊：Chemosphere

影响因子：7.086

摘要：有机氯农药，尤其是林丹和硫丹，已被证明是可生物降解且经常共存，但其抑制作用尚未得到研究。本研究中，将围绕硫丹共存对林丹降解菌NovosphingobiumbarchaimiiLL02的影响，以及两种不同接种菌的混合富集培养。林丹降解批量实验结果表明，硫丹浓度高于20mgL-1对菌株LL02的林丹降解效率造成显着的抑制。此外，与中性和碱性条件相比，pH5.0至6.0的酸性条件下，林丹降解速率常数进一步降低了57%。对于混合微生物培养物，林丹/硫丹共污染条件下的林丹降解效率与单独使用林丹的条件相比，降低了35.7%-50.7%。PacBio平台的16SrRNA扩增子测序结果显示，在富含林丹/内丹硫的培养物中，大多数优势菌被抑制。此外，在复合污染富集培养物中，澳大利亚Burkholderia australis、Chujaibacter soli、Flavitalea flava和一种Rhodanobacteraceae细菌的含量相对较高，表明它们在硫丹胁迫下有降解林丹的潜力。

推荐语：研究结果表明，硫丹共存会对林丹降解细菌和混合菌的生物降解均能产生抑制作用。日后在应用生物修复去除有机氯农药污染时，可考虑多种有机氯农药并存对生物降解效率的影响。该项研究为益生菌在各种工业化过程中的应用提供了新的思路。

Phytomedicine

标题：Jia Wei Xiao Yao San ameliorates chronic stress-induced depression-like behaviors in mice by regulating the gut microbiome and brain metabolome in relation to purine metabolism.

译名：加味逍遥散通过调节肠道微生物组和脑代谢组与嘌呤代谢的关系，改善小鼠慢性应激诱导的抑郁样行为。

作者：ShuaiJi等

时间：2022-01-15

期刊：Phytomedicine

影响因子：5.34

摘要：尽管抑郁症的发病机制尚不清楚，但越来越多的证据表明肠道微生物的组组成与大脑功能之间存在复杂的关系。加味逍遥散（JWXYS）被认为是一种潜在的抗抑郁药。然而，JWXYS的药理机制尚未阐明。本研究通过建立抑郁症慢性约束应激小鼠模型，旨在探讨JWXYS对小鼠慢性应激性抑郁样行为的影响。给予JWXYS，并通过若干行为测试评估这些小鼠对治疗的反应。通过特异性荧光标记检测星形胶质细胞和小胶质细胞的活性。测定肠和脑组织中量化炎症细胞因子的含量。采用全长16SrRNA测序和不同类型的非靶向代谢组学的综合方法，用以研究物种水平的肠道微生物组、代谢脑功能和JWXYS之间的关系。研究发现，行为症状与动物乳杆菌的相对丰度有关。在JWXYS处理后，valeibacterium与可能参与嘌呤代谢的酶的相对丰度亦被描述。星形胶质细胞和小胶质细胞的激活与动物乳杆菌的相对丰度呈负相关。结合网络药理分析，JWXYS治疗预测的几个靶点主要集中在嘌呤代谢上，而这些八点也从JWXYS调节的脑代谢物中富集。

推荐语：本研究通过全长16SrRNA测序，阐明了物种水平的肠道微生物组、代谢脑功能和JWXYS之间的关系，证实动物乳杆菌参与了小鼠的抑郁样行为。该研究结论为抑郁症发病机制和治疗手段的探究提供了重要的参考依据。

Pest Manag Sci

标题：Chlorothalonil alters the gut microbiota and reduces the survival of immature honey bees reared in vitro.

译名：百菌清改变肠道微生物群，降低体外饲养的未成熟蜜蜂的存活率

作者：TongWu等

时间：2022-01-27

期刊：Pest Manag Sci

影响因子：4.845

摘要：百菌清是一种非系统性杀菌剂，是蜂巢中检测最广泛的杀虫剂之一。研究了百菌清对体外饲养的未成熟蜜蜂的存活率、体重和肠道菌群的影响。研究人员对幼虫饲喂1、2、4、8和16μg/mL百菌清，并与饲喂阴性对照（不含任何添加剂的饲料）、阳性对照（45mg/L乐果）和溶剂对照（2%丙酮）的幼虫进行比较。与对照组相比，2、4、8和16μg/mL百菌清处理的存活率显着降低。百菌清的无不良反应浓度为1μg/mL。百菌清对幼虫体重没有显着影响。通过PacBio16SrDNA基因测序确定了新出现的蜜蜂肠道菌群组成。线性判别分析效应量(LEFSe)分析表明，百菌清对假单胞菌属和伯克霍尔德菌属均有影响。

推荐语：通过研究结果可得知，百菌清降低了蜜蜂幼虫的存活率，改变了新出现的蜜蜂的肠道菌群。而杀虫剂对蜜蜂的风险则与其毒性和暴露剂量有关。对于蜂用杀虫剂的选择，本项研究提供了更全面、科学的数据参考。

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